通風供氧是堆肥成功的幾種因素之一。堆肥需氧量的多少與堆肥中有機物含量相關，有機質越多，其耗氧量越大，一般堆肥過程中的需氧量取決于被氧化的碳量。適宜的溫度和氧氣是
有機肥設備能否成功出肥的重要條件。
堆肥初期，主要是好氧微生物的分解活動，需要良好的通氣條件。如果通氣不良，好氧性微生物受到抑制，堆肥腐熟速度緩慢；相反，通氣過盛，不僅堆內水分和養分損失過多，而且造成有機質的強烈分解，對腐殖質的積累也不利。因此，前期要求堆體不宜太緊，設通風溝等。后期厭氧有利于養分保存，減少揮發損失，因此要求肥堆適當壓緊或塞上通風溝。一般認為，堆體中的氧氣保持在8%～18%。低子8%會導致厭氧發酵而產生惡臭；高于18%，則會使堆體冷卻，導致病原菌的大量存活。一般可以采用翻堆機翻拋、鼓風、強制通風、被動通風等措施增加堆體中的氧氣含量。
堆體溫度變化是堆肥進程的宏觀反映，也是影響微生物活動和堆肥能否順利進行的重要因素。溫度上升是微生物代謝產熱積累的結果，反映了微生物代謝強度和堆肥物質的轉化速度。一般認為，高溫菌對有機物的降解效率高于中溫菌，目前的快速、高溫好氧堆肥技術正是利用了這一點。堆肥初期，堆體溫度一般與環境溫度接近，經過中溫菌1-2d的作用，使堆肥快速升溫，堆體溫度達到50～65℃，一般維持5～6d高溫期以殺死病原菌、蟲卵和草籽，達到無害化指標，并起到脫水作用。*后溫度降低，以利于養分轉化和腐殖質的形成。溫度過低將延長堆肥腐熟的時間，而過高的堆溫(>70℃)對堆肥微生物生長活動產生抑制，過度消耗有機質，并造成大量的氨揮發，影響堆肥質量。
